ΑναθέσειςΔιπλωματικώνΦεβρουαρίου2018
Δημιουργία αυτοματοποιημένης υπολογιστικής ροής διεργασιών για την ανάλυση μεταγραφωμικών δεδομένων
Μια από τις πιο χαρακτηριστικές ομικές προσεγγίσεις που έχουν ως στόχο την μελέτη Βιολογικών Συστημάτων είναι η μεταγραφωμική (transcriptomics). Αφορά την μελέτη του μεταγραφώματος (transcriptome) και συνεπώς εμπεριέχει το σύνολο της πληροφορίας στο επίπεδο του RNA. Οι μεταγραφωμικές αναλύσεις έχουν εξελιχθεί την τελευταία δεκαετία σε ιδιαίτερα σημαντικό βαθμό, ακολουθώντας με την σειρά τους τις ραγδαίες εξελίξεις σε θέματα που άπτονται του τομέα της βιοπληροφορικής και της ανάλυσης αλληλουχιών (NGS - Next Generation Sequencing). Πλέον, διατίθεται δημοσίως ένα πλήθος καινοτόμων βιοπληροφορικών εργαλείων με στόχο την πληρέστερη αλλά και ακριβέστερη ανάλυση δεδομένων μεταγραφωμικής που προέρχονται από τεχνολογίες RNA-sequencing. Σκοπός της εν λόγω διπλωματικής εργασίας είναι να δημιουργηθεί μια αυτοματοποιημένη ροή διεργασιών που θα εκμεταλλεύεται επιλεγμένα βιοπληροφορικά εργαλεία, με απώτερο στόχο την πλήρη επεξεργασία, μελέτη και ανάλυση μεταγραφωμικών RNA-sequencing δεδομένων, ξεκινώντας από το αρχικό στάδιο ελέγχου ποιότητας των δεδομένων αλληλούχισης (Quality Control of Raw Data) έως και τo τελικό στάδιο ανάλυσης της διαφορικής έκφρασης γονιδίων (Differential Gene Expression) ανάμεσα σε διαφορετικές κατάστασεις των προς μελέτη Βιολογικών Συστημάτων. Με βάση την υπολογιστική πλατφόρμα GALAXY, θα δημιουργηθούν αυτοματοποιημένες, άμεσες και εύχρηστες διεπαφές που θα καλύπτουν πλήρως τις ανάγκες μιας τυπικής μεταγραφωμικής ανάλυσης στο επίπεδο έκφρασης γονιδίων.
Επιβλέπων μέλος ΔΕΠ: Δημήτριος Κέκος

Τομέας: Σύνθεσης και Ανάπτυξης Βιομηχανικών Διαδικασιών

Σχετικό Μάθημα : Εφαρμοσμένη Βιοτεχνολογία

Περίοδος Ανάθεσης: Φεβρουαρίου Ακ. Έτους 2017-2018

Ανατέθηκε: Βλασσόπουλος Διονύσης